水產繁養區（17.1公頃）：
目前主要由國立成功大學承租作為蝦類養殖研發中心及台肥公司自建產業區使用。

加工生產區（6.5公頃）：
目前主要由台灣海洋深層水公司承租作為生產加工廠、及東藻生技公司承租作為藻類生技研發及生產中心、彩色營養米公司承租作為米食品加工廠、及本園區管理中心與深層海水取水站，其中本園區管理中心設有創新研發辦公室空間，主要進駐廠商為石材暨資源研究中心，可供學研單位作為創新研究辦公室使用。

休閒體驗區（7.1公頃）：
本區以日式建築物群為主，目前部分供台肥公司子公司台海公司作為海礦探索體驗館使用，環境景觀優美幽靜並設有深足浴步道，供遊客體驗深層海水的潔淨與沁涼，此外尚有U型辦公室及其他日式建物，也陸續開發招商中。

形象推廣區（8公頃）：
此部分包含將近2公頃之景觀大草原，其他區域為大片素地，目前作為國家級海洋資源博物館預定地使用。

綠帶景觀區（4公頃）：
此部分主要為防風林綠地，有豐富的自然生態，將規劃作為園區景觀綠帶區，規劃美觀的人行木棧道，將可更親近太平洋觀賞海洋之美。